질의제목 :	민원인 - 사용자의 귀책사유 없이 정규직 근로자와의 근로관계가 끝나는 경우 「조세특례제한법」 제30조의2제2항에 따라 납부해야 하는 공제받은 세액상당액등의 범위(「조세특례제한법」 제30조의2제2항 등 관련
관련문서 :	법제처 법령해석총괄과 - 39(2020. 1. 3.)

1. 질의요지

「조세특례제한법」 제30조의2제1항에 따라 정규직 근로자로의 전환에 따른 소득세 또는 법인세 공제를 받은 자(이하 “사용자”라 함)의 귀책사유 없이 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 근로관계가 끝나는 경우, 같은 조 제2항에 따라 해당 사용자는 공제받은 세액상당액에 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부해야 하는지?

※ 질의배경

민원인은 위 질의요지에 대해 기획재정부에 문의하였고, 기획재정부에서는 귀책사유 여부와 상관 없이 근로관계가 끝나는 경우에는 공제받은 세액상당액에 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부해야 한다고 답변하자 이에 이견이 있어 법제처에 법령해석을 요청함.

2. 회답

이 사안의 경우 사용자는 「조세특례제한법」 제30조의2제2항에 따라 공제받은 세액상당액을 소득세 또는 법인세로 납부해야 하나, 이자상당액은 납부대상에서 제외됩니다.

3. 이유

「조세특례제한법」 제30조의2제1항에서는 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업이 2019년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자등을 2020년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하는 등 정규직 근로자로의 전환을 하는 경우에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원에 1천만원을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하면서, 같은 조 제2항에서는 제1항에 따라 정규직 근로자로의 전환에 따른 소득세 또는 법인세 공제를 받은 사용자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와 근로관계를 끝내는 경우에는 근로관계가 끝나는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부해야 한다고 규정하고 있습니다.

「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자, 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, 「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 말함.

대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 700만원을 말함.

사업소득에 대한 소득세만 해당

이와 같이 「조세특례제한법」 제30조의2제1항 및 제2항에서 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 규정과 함께 정규직 근로자로의 전환을 유지하지 못한 경우에 공제받은 세액상당액 등을 납부하도록 규정한 것은 2008년 9월 26일 「조세특례제한법」이 법률 제9131호로 개정되면서 일자리를 창출하고 비정규직 근로자를 정규직 근로자로 전환하는 경우에 대한 중소기업 부담을 완화하려는 취지로 신설된 것인바, 이는 정규직 근로자로의 전환을 한 과세연도에 한시적이고 예외적으로 제공한 세제지원 혜택을 사후에 요건 충족 여부에 따라 확정하도록 정한 것으로 정규직 근로자로의 전환이 2년 이상 유지되는 결과를 달성한 경우에 소득세 또는 법인세 감면의 인센티브를 주려는 취지입니다.

2008. 9. 26. 법률 제9131호로 개정되어 같은 날 시행된 「조세특례제한법」 개정이유 및 주요내용 참조

즉 「조세특례제한법」 제30조의2제1항에 따라 정규직 근로자로의 전환을 한 경우에 전환을 한 날부터 2년 이상 근로관계를 유지할 것을 조건으로 미리 소득세 또는 법인세를 공제하는 것인바, 만약 해당 조건을 충족한 후에 사후적으로 세제지원 혜택을 제공하는 규정체계였다면 정규직 근로자로의 전환 이후 2년 이상 근로관계를 유지하지 못한 경우에는 해당 세제지원 혜택을 제공하지 않게 될 것입니다.

그렇다면 「조세특례제한법」 제30조의2제2항에서 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 “근로관계를 끝내는 경우”에 공제받은 세액상당액을 소득세 또는 법인세로 납부해야 한다고 규정한 것은 조건을 충족하지 못한 경우에 사전에 제공했던 세제지원 혜택을 회수하려는 것이므로 그 책임이 누구에게 있는지 여부와 상관없이 근로관계가 종료되는 경우를 의미한다고 보는 것이 타당합니다.

다만 「조세특례제한법」 제30조의2제2항에 따라 납부해야 하는 금액 중 “이자상당액” 부분은 같은 법 시행령 제27조의2제2항제2호에서 1일 10만분의 25의 율을 적용하도록 하여 「국세기본법 시행령」 제27조의4에 따른 납부지연가산세 및 원천징수 납부 등 불성실가산세의 이자율과 동일하게 규정하고 있는바, 사용자의 귀책사유 없이 근로관계를 종료하게 되는 경우에도 불성실가산세 등에 상응하는 이자상당액까지 사용자에게 납부하도록 하는 것은 사용자가 정규직 전환 근로자와의 근로관계를 유지할 수 없는 상황에 대해서까지 납부 의무를 부과하는 것이 되어 헌법상 자기책임 원리에 부합하지 않습니다.

따라서 이 사안의 경우 사용자는 「조세특례제한법」 제30조의2제2항에 따라 공제받은 세액상당액을 소득세 또는 법인세로 납부해야 하나, 이자상당액은 납부대상에서 제외된다고 보는 것이 타당합니다.

※ 법령정비 권고사항

「조세특례제한법」 제30조의2제2항에 따라 세액상당액을 납부해야 하는 경우는 사용자의 귀책사유 여부와 상관 없이 정규직 전환 근로자와의 근로관계가 “끝나는” 경우이고, 이자상당액을 납부해야 하는 경우는 사용자의 귀책사유로 정규직 전환 근로자와의 근로관계가 종료되는 경우로 한정된다는 점을 「근로기준법」에 따른 근로관계 종료 사유 등을 검토하여 명확히 할 필요가 있습니다.

< 관계 법령>

조세특례제한법

제30조의2(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제) ① 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업이 2019년 6월 30일 당시 고용하고 있는 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 "기간제근로자 및 단시간근로자"라 한다), 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, 「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2020년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 「하도급거래 공정화에 관한 법률」  제2조 제2항 제2호에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 "정규직 근로자로의 전환"이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원에 1천만원(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 700만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 근로관계를 끝내는 경우에는 근로관계가 끝나는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ (생  략)

조세특례제한법 시행령

제27조의2(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제) ① 법 제30조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 각각 제4조제1항에 따른 중견기업을 말한다.

② 법 제30조의2제2항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 법 제30조의2제1항에 따라 공제받은 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 공제받은 과세연도의 종료일의 다음 날부터 납부사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간

2. 1일 10만분의 25